《史记·儒林列传》记载：“及至秦之季世，焚诗书、坑术士”。
在焚书之后的第二年，即公元前212年，两名为始皇炼制长生不老之药的术士侯生、卢生炼药未果，据说后来更散布许多对始皇不利、甚至诽谤的言论。始皇大怒，下令逮捕严办[3]。涉案者在审理时则向外指控诽谤始皇言论的来源，前后指控出四百六十馀人；秦始皇在盛怒中下令，将涉案者四百六十馀名坑杀在咸阳。
《史记·秦始皇本纪》记载，扶苏向始皇进谏“诸生皆诵法孔子，今上皆重法绳之，臣恐天下不安”；秦始皇怒，让扶苏去北方上郡（蒙恬驻军所在）担任监军。[4]
“坑儒”一词出处是西汉孔安国（孔子十二世孙）《〈尚书〉序》（这篇序有人怀疑是魏晋时期儒生郑冲伪造。）：“及秦始皇灭先代典籍，焚书坑儒，天下学士逃难解散。”在此之前《史记·儒林列传》的说法是“及至秦之季世，焚诗书，坑术士，六艺从此缺焉”。有部分学者依《儒林列传》记载“及至秦之季世，焚诗书、坑术士”，认为遭坑杀者的确不是儒生、而是当时涉案的术士。有评论认为当时之术士与儒生相等，也有指当时儒生多兼任术士的说法。支持“坑儒”提法的学者认为由《史记·秦始皇本纪》中记载的始皇长子扶苏的话“诸生皆诵法孔子，今上皆重法绳之”可知，秦始皇所坑掉的“诸生”中，固然有一部分术士，但大多数是“诵法孔子”的儒生。[5]而反对“坑儒”提法的学者认为这是扶苏求情之话，无法用来证明秦始皇坑杀的是儒生，他们认为“焚书坑儒”并未废除儒学，儒家学说在焚书之后仍然存在。
汉学家乌尔里希·内因格尔曾发表文章，认为焚书次年秦始皇未曾集中杀害一批士人，所谓坑儒纯系传说，并非史实。[6]《剑桥中国秦汉史》采信了其观点。[来源请求]2010年李开元发表文章提出了坑儒的四个疑点，认为司马迁错误使用了史料。[7] 但是，中国学者的态度基本一致，都认为《史记》记载是可靠的。[8]